V otázce bezpečnosti ŠKODA FABIA COMBI nedělá kompromisy a nabízí prvky vozů vyšších tříd.
Všechny vozy FABIA jsou standardně vybaveny 6 airbagy a systémem ESC (Electronic Stability Control), který pomáhá každému řidiči zvládat krizové situace, když se vůz dostane do smyku. Jeho součástí je i multikolizní brzda. Tento bezpečnostní prvek při nehodě aktivuje brzdový systém, aby se zabránilo následné kolizi.
Front Assist s funkcí automatického brzdění je další strážný anděl na palubě. Ten společně s vámi sleduje, co se děje před vozidlem a může vás tak upozornit na blížící se nebezpečí. Je schopen sám zabrzdit a tím zmírnit následky nehody nebo jí případně zcela zabránit.
Funkce Speedlimiter slaví u značky ŠKODA svou premiéru. FABIA je tak prvním vozem ŠKODA, kde je tento bezpečnostní prvek použit. Jak název napovídá, Speedlimiter nedovolí překročit předem nastavenou rychlost.